Plainpalais est une commune depuis la loi du 17 février 1800, date à laquelle le Conseil municipal et la fonction de maire sont instaurées. L'ancien syndic F.-G. Buttin et Joseph Des Arts, futur chef du gouvernement de la Restauration, figurent dans la première composition du pouvoir politique. Avant 1850, Plainpalais conserve en partie son caractère rural: on y cultive des choux, des artichauts, des laitues et des cardons. Cependant, le changement s'amorce dès les années 1840: installation de la Société du Gaz à la Coulouvrenière, construction d'un temple protestant en 1847. Dès 1848, il est à noter que la Plaine devient propriété de la Commune; de nombreuses manifestations, tant militaires que festives, y sont organisées. En 1849, lorsque se pose la question de la création d'un hôpital cantonal, le choix des députés se porte sur l'ancienne propriété Claparède pour sa proximité de la Ville et son exposition favorable. Dès 1856, cette zone de la Commune est transformée en cité hospitalière (Hôpital, Maternité, Clinique ophtalmologique, Institut dentaire).
Sous l'administration de Charles Page, maire très actif entre 1882 et 1910, la commune se transforme. On peut noter la construction de plusieurs bâtiments scolaires entre 1885 et 1903, la création des quais de l'Arve dès 1887 et la percée ou l'élargissement de rues ou de boulevards dès 1890 (notamment: l'avenue du Mail, le boulevard Carl-Vogt et le boulevard Saint-Georges). Au début du siècle, de nombreux immeubles remplacent villas et jardins à l'entrée du quartier de Florissant. Les derniers travaux précédant la fusion concernent l'élargissement de la rue Beau-Séjour et de la rue Dancet, en 1928-1929 et la création de la Place des Augustins en 1930.
La votation de la "loi de fusion administrative" en 1930 met fin à l'autonomie communale de Plainpalais. L'ancienne commune est intégrée désormais à la Ville de Genève.(1931).